Allele ryzyka dla stwardnienia rozsianego zidentyfikowane w badaniu Genomewide ad

Genotypowanie, kontrola jakości i strategie analizy. Panel A pokazuje zarys eksperymentów, w którym początkowo zidentyfikowano 1003 trio rodzinne do genotypowania. Po kontroli jakości DNA i SNP ostateczny zestaw 931 rodzinnych triów i ogółem 334 923 SNP przeżyły kryteria wykluczenia i zostały włączone do analizy. Panel B pokazuje źródła pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i wyniki testów nierównowagi transmisji triów rodzinnych, Cochran-Mantel-Haenszel testowanie przypadków i osób kontrolnych oraz kryteria selekcji SNP. Panel C pokazuje wyniki fazy replikacji, w której początkowo opracowano 174 testy SNP, z czego 22 z nich jest zbędnych na podstawie testów nierównowagi transmisyjnej. Testy te służyły jako wewnętrzne kontrole jakości i SNP do walidacji lub ostatecznie nieskuteczne kontrole jakości genotypów Sequenom. Pozostałe 152 SNP, które zawierały 12, które nie były obecne na mikromacierzy chipów, zostały wybrane na podstawie ich lokalizacji w obrębie genów kandydujących (regionów wcześniej zidentyfikowanych w innych chorobach autoimmunologicznych). Te SNP zostały genotypowane w multipleksowanych pulach, a trzy SNP pokazujące mniej niż 97% zgodności z danymi mikromacierzy zostały usunięte z analizy. Ponadto, spadło również siedem SNP z odsetkiem połączeń mniejszym niż 90% i nadmiernymi błędami mendlowskimi. Zgodność dla pozostałych SNP wynosiła 99,6%. W rezultacie 20 SNP, które zostały uwzględnione w pierwszej analizie, nie spełniało kryteriów selekcji do ostatecznej analizy. MAF oznacza mniejszą częstość alleli, równowagę HW Hardy ego-Weinberga, błędy mendelowe ME, WTCCC Wellcome Trust Case Control Consortium, Narodowy Instytut Zdrowia Psychicznego NIMH oraz IMSGC International Genesis Consortium of Multiple Sclerosis. Aby zmaksymalizować efektywność genotypowania, zastosowaliśmy podejście etapowe (rysunek 1). Najpierw wykorzystaliśmy mikromacierz DNA (GeneChip Human Mapping 500K Array Set, Affymetrix) do zbadania większości powszechnych wariantów genetycznych w 1003 rodzinnych triach, składających się z pacjenta ze stwardnieniem rozsianym i obojga rodziców.25 Po usunięciu SNP i próbek DNA z niskim poziomem wskaźniki genotypowania, nadmierne błędy mendlowskie lub niskie częstotliwości mniejszych alleli z dalszej analizy pozostały zbiorem 334 923 SNP, które zostały genotypowane w 931 rodzinnych triach. Markery te wychwytują ponad 2,2 miliona wspólnych SNP (częstość mniejszych alleli, .0,05) obserwowanych w obiektach HapMap26 CEPH (Centre d Etude du Polymorphisme Humain), składających się z mieszkańców Utah z północnym i zachodnioeuropejskim pochodzeniem (CEU, wydanie 21), ze średnim parami współczynnika determinacji (r2) wynoszącym 0,77 (62% przy . 0,8).
W drugim etapie (replikacji) badania, 110 SNP, z których większość dała sygnał w pierwszej fazie, genotypowano w dodatkowych triach rodzinnych, osobnikach przypadków i osobach kontrolnych. W obu etapach analizę uzupełniono danymi z wcześniej badanych genotypowo osób kontrolnych. Ogólna próba zawierała 1540 rodzinnych triów, 2322 pacjentów z przypadkami i 5418 osób kontrolnych dla łącznie 12 360 próbek. Połączone wyniki ze skanowania skojarzeń genomewidów pozwoliły zidentyfikować warianty genetyczne związane ze stwardnieniem rozsianym, które nie znajdowały się w regionie MHC.
Metody
Pacjenci i kontrole
Tabela 1
[więcej w: nasiona hemp, aptt cena, agafirany ]