Allele ryzyka dla stwardnienia rozsianego zidentyfikowane w badaniu Genomewide cd

Charakterystyka demograficzna pacjentów. W tabeli wymieniono cechy demograficzne pacjentów, u których wszyscy otrzymali diagnozę stwardnienia rozsianego na podstawie wiarygodnych kryteriów klinicznych.28,27,28 Osoby z klinicznie izolowanymi zespołami lub zapalenie nerwu wzrokowego optica29 zostały wyłączone z próbek w Wielkiej Brytanii, 4% osób w Stanach Zjednoczonych miało klinicznie izolowany zespół w momencie rejestracji. Zdrowe osoby kontrolne z Brigham i Women s Hospital w Bostonie i University of California w San Francisco składały się z niespokrewnionych osób, które zgłosiły się jako nie-latynoskie i bez przewlekłej choroby zapalnej. (Aby uzyskać szczegółowe informacje, patrz Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org). Przygotowanie próbek i genetyczny odcisk palca
Zastosowaliśmy metody podobne do tych opisanych w ostatnio wykonanym skanowaniu asocjacji genów. 15 Minimum .g genomowego DNA (rozcieńczonego w buforze × TE przy 50 ng na mikrolitr) od osobników przypadku i kontroli ustawiono w szyku na 96-studzienkowych płytkach wzorcowych w scentralizowanym banku DNA projektu. Przed skanowaniem stężenia DNA określono przez pomiar fluorescencji za pomocą sond molekularnych (PicoGreen, Molecular Probes). Jako genetyczny odcisk palca panel 24 SNP, w tym test potwierdzający płeć, został genotypowany za pomocą platformy Sequenom. Dwadzieścia trzy z tych SNP są zawarte na obydwu chipach w macierzach Affymetrix GeneChip Human Mapping 500K i służyły jako wieloplatformowa weryfikacja próbki.
Pisanie HLA
Pisanie w średniej rozdzielczości HLA-DRB1 i HLA-DQB1 (od dwóch do czterech cyfr) przeprowadzono na triolach rodziny 931 w pierwszym etapie screeningu. 30 Spośród 931 pacjentów w tych rodzinach 531 (57,0%) miało co najmniej jeden kopia HLA-DRB1 * 1501. Ponieważ kompletne dane genotypu HLA-DRB1 dla wszystkich członków zestawów do replikacji nie były dostępne, wszystkie podmioty konsorcjum (członkowie rodziny, osoby chorego na skrzynię i osoby kontrolne) zostały genotypowane dla SNP rs3135388 (A / G) w celu zidentyfikowania DRB1 * 1501 allel związany ze stwardnieniem rozsianym, ponieważ obecność tego allelu i SNP r3531388A są silnie skorelowane.31 Zarówno wyniki genotypowania HLA-DRB1 * 1501, jak i rs3135388 były dostępne dla 2757 z 2793 osób (98,7%) w triach rodziny 931. Dane z 2730 z tych 2757 pacjentów wykazały całkowitą zgodność pomiędzy SNP r 3131388A a genotypem DRB1 * 1501 (> 99% dla oznaczenia poprawnej liczby alleli DRB1 * 1501).
Metody skanowania na poziomie genomu, zgodność wyników pobierania odcisków palców DNA, kontrola jakości, kryteria wykluczenia SNP, dodatkowe dane kontrolne, analiza statystyczna, walidacja techniczna i genotypowanie replik są opisane w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Faza badań przesiewowych
Rysunek 2. Rysunek 2. Przegląd głównego stowarzyszenia Genomewide Skanowanie z udziałem rodzinnych trików 931. Wartości P (pokazane jako wartości -log10) dla wyników testu nierównowagi transmisyjnej nanoszono na genom. Klasyczne locus ryzyka HLA-DR na chromosomie 6p21 wyróżnia się znaczącą statystyczną istotnością (P <1 × 10-81).
Ryc. 3. Ryc. 3. Obserwowane i oczekiwane rozkłady dla wyników badania równowagi transmisyjnej z trio rodziny 931 w skanowaniu genomu pierwotnego
[patrz też: elpax bytom, kopia odmiana, medicomplex mosina ]