Allele ryzyka dla stwardnienia rozsianego zidentyfikowane w badaniu Genomewide czesc 4

Wartości P (pokazane jako wartości -log10) dla wszystkich 334,923 SNP (w kolorze szarym) wykreślono w stosunku do oczekiwanego rozkładu zerowego (czerwonego). Po wykluczeniu SNP w rozszerzonym regionie dużego kompleksu zgodności tkankowej, obserwowany rozkład (w czerni) dokładnie dopasowuje oczekiwany rozkład, z nadmiarem w ogonie przy P <0,001 (więcej powiązanych SNP, niż oczekiwano w hipotezy zerowej). Rysunek pokazuje zarys eksperymentów. Rycina 2 pokazuje wyniki z badania bezspójności transmisji 334,923 SNPs wpisanych w trio rodziny 931, które były włączone w fazę przesiewową. Wykres wyników skojarzenia dla początkowego skanu genomu pokazano na Figurze 3; wartości P dla wszystkich SNP są nanoszone w funkcji wartości P z oczekiwanego (jednolitego) rozkładu zerowego. Po wykluczeniu SNP w rozszerzonym regionie MHC, obserwowany rozkład blisko odpowiada oczekiwanemu rozkładowi (zerowy) (genomowy współczynnik inflacji, 1,05) z nadmiarem w ogonie przy P <0,001 (więcej powiązanych SNP obserwowanych niż oczekiwano w hipotezy zerowej ).
Początkowa faza badań przesiewowych ujawniła 78 SNP poza regionem MHC z P <1 × 10-4 (w wyniku testu na brak równowagi w przesyle, wskazującego na nadreprezentację alleli ryzyka u pacjentów z chorobą, w porównaniu do osób kontrolnych). Te SNP wybrano do potencjalnego włączenia do analizy drugiego stopnia. Aby zmaksymalizować informacje z fazy badań przesiewowych, porównaliśmy przypadki pacjentów z rodzinnych trików 931 z danymi kontrolnymi z losowej selekcji 1475 osób z Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) i 956 tematów dostarczonych przez Narodowy Instytut Zdrowia Psychicznego ( NIMH), w sumie 2431 osób. Porównanie danych dla tych osób i osób kontrolnych z zastosowaniem metody Cochran-Mantel-Haenszel zidentyfikowało dodatkowe 63 SNP z P <0,001. Kolejne 24 SNP z P <0,01 (w trio rodzinnym lub w analizach kontrolnych przypadku) wybrano do obserwacji na podstawie bliskości do wcześniej zidentyfikowanych loci związanych z podatnością na choroby autoimmunologiczne. Ostatecznie uwzględniono także dziewięć SNP, które wydają się wykazywać wysoce znaczące asocjacje, ale które prawdopodobnie reprezentują artefakty genotypowania. (Zgodnie z oczekiwaniami, żaden z tych dziewięciu SNP nie wykazał żadnych dowodów na związek w fazie replikacji).
Faza replikacji
Tabela 2. Tabela 2. Wyniki analizy replikacji SNP wybranych z analizy skriningowej. Platforma genotypowania Sequenom została wykorzystana do genotypowania tych 174 SNP w drugim zestawie 609 rodzinnych triów, 2322 pacjentach z przypadkami i 789 osobnikami kontrolnymi z Międzynarodowego Konsorcjum Genetyki Stwardnienia Rozsianego. Dane te zostały uzupełnione przez niezależny zestaw 1475 osobników kontrolnych z WTCCC i 723 z NIMH, w sumie 2987 kontroli. Spośród 174 SNP, 22 nieudanych testów lub były zbędne, 10 nie powiodło się kontroli jakości testu replikacji, a 20 nie spełniło naszej pierwotnej kontroli jakości skanu; 12, które nie zostały uwzględnione w macierzy Affymetrix, dodano do badań naukowych. Tabela dodatku dodatkowego przedstawia wyniki z pozostałych 110 SNP dla tej analizy samego drugiego etapu i w połączeniu z danymi z fazy badań przesiewowych w formie analizy rozszerzenia
[podobne: lexum szczecin, nasiona hemp, dronedaron ]