Odmiana liczby kopii i falszywe pozytywne wyniki badan prenatalnych

Wydajność testu dla trisomii płodowej.W czterech osobnych próbach, Prenatalny Test Harmonii dokładnie wskazywał na niskie ryzyko trisomanii płodowej w obecności dużych matczynych wariantów liczby kopii na chromosomach 13 (Panel A), 18 (Panele B i C) i 21 (panel D). Szare kropki wskazują szacowaną liczbę kopii chromosomu płodowego dla każdego pojedynczego testu wykreślonego w kolejności pozycji genomowej. Zielone linie oznaczają dwie lub trzy kopie płodowych chromosomów z uwzględnieniem szacunkowej frakcji płodowej, a pomarańczowe przerywane linie oznaczają średnią liczbę kopii segmentu. Testy w regionie matczynych wariantów liczby kopii są wyraźnymi wartościami odstającymi i zostały wykluczone podczas oceny ryzyka aneuploidii płodowej. W pracy Snyder i wsp. (23 kwietnia) podkreśla pewne niedociągnięcia masowo równoległych metod sekwencjonowania strzelby w nieinwazyjnych badaniach prenatalnych. Użyli oni metody, która nie jest ukier unkowana na konkretne regiony chromosomów 18 i 21, i dostarczyli oni dowodów na to, że matczyne warianty liczby kopii mogły ingerować w ocenę aneuploidii płodowej. Dwa aspekty projektowania ukierunkowanych testów, takich jak analiza cyfrowa wybranych regionów (DANSR) 2, zmniejszają wpływ matczynych wariantów liczby kopii na ocenę ryzyka wystąpienia aneuploidii płodowej. Po pierwsze, są one ukierunkowane na lokalizacje chromosomów, które nie zostały zaobserwowane jako zawierające wspólne warianty liczby kopii. Po drugie, algorytm Fetal Optimized Risk of Trisomy Evaluation (FORTE) dynamicznie porównuje oznaczanie chromosomu z szacowaną frakcją płodu dla każdego testu i testy masek dla regionów odstających.3 Na rysunku pokazano cztery przykłady, w których odpowiednie raporty niskiego ryzyka zostały wygenerowane przy użyciu algorytmu FORTE pomimo obecności rzadkich matczynych wariantów liczby kopii od 1,4 do 7,4 Mb. Christopher Kingsley, Ph.D. Eric Wa ng, Ph.D. Arnold Oliphant, Ph.D. Ariosa Diagnostics, San Jose, Kalifornia Nie zgłoszono żadnego potencjalnego konfliktu interesów związanego z tym pismem. 3 Referencje1. Snyder MW, Simmons LE, Kitzman JO, i in. Odmiana liczby kopii i fałszywie dodatnie prenatalne wyniki badań aneuploidalnych. N Engl J Med 2015; 372: 1639-1645 Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline 2. Sparks AB, Wang ET, Struble CA i in. Selektywna analiza DNA bez komórek krwi matczynej do oceny trisomii płodowej. Prenat Diagn 2012; 32: 3-9 Crossref Web of Science Medline 3. Sparks AB, Struble CA, Wang ET, Song K, Oliphant A. Nieinwazyjne wykrywanie prenatalne i selektywna analiza DNA bez komórek uzyskanego z krwi matczynej: ocena trisomii 21 i trisomii 18. Am J Obstet Gynecol 2012; 206: 319 -319.e1-9. Crossref Web of Science Medline Snyder i in. przypisać dwa niezgodne wyniki dotyczące nieinwazyjnego badania prenatalnego (dwie ciąże, które były pozytywne dla trisomii 18) na obecnoś ć matczynych wariantów liczby kopii na docelowym chromosomie. Badaliśmy wpływ matczynych wariantów liczby kopii od początku badania krwi MaterniT21, a w 2012 r. Wdrożyliśmy algorytm rekompensaty. Rycina 1. Rycina 1. Wpływ wariantu kopii liczby matczynej na klasyfikację Aneuploidii płodu. Jak opisał Snyder i wsp., Prawdopodobieństwo fałszywie dodatniego wyniku wzrasta w zależności od wielkości wariantów liczby kopii. W panelu A pokazano dwa przypadki chromosomu docelowego 18: powielenie matczynego wariantu liczby kopii na docelowym chromosomie bez dziedziczenia w frakcjach DNA płodu od 5 do 20% (niebieski) i usunięcie macierzyńskiego wariantu liczby kopii na chromosomy poza celem z dziedziczeniem w frakcjach DNA płodu od 5 do 20% (czerwony). W panelu B pokazano wpływ algorytmu korekcyjnego na wynik z dla próbek, które znajdują się w matczynym wariancie liczby kopii na chromosomie 18. Łącznie 22 z 71 próbek z matczynym wariantem liczby kopii na chromosom ie 18 miało punktację z większą niż 3,95. Ustaliliśmy, że duże macierzyńskie warianty liczby kopii zlokalizowane na chromosomach niedotyczących mogą również wpływać na klasyfikację aneuploidii płodowej (Figura 1A) i przeanalizowaliśmy ponad 51 000 wyników nieinwazyjnych badań prenatalnych w celu przeprowadzenia analiz potwierdzających. Odmiany matczynej liczby kopii były często wykrywane (w> 40% próbek), ale zwykle były zbyt małe, aby wpływać na klasyfikację. Zidentyfikowaliśmy 45 z 619 matczynych wariantów liczby kopii na chromosomach 13, 18 i 21, które były wystarczająco duże, aby zmienić klasyfikację. Korzystając z algorytmu kompensacji, zmniejszono wpływ na klasyfikację płodu, uzyskując dokładne wyniki nieinwazyjnego badania prenatalnego (ryc. 1B). Wyzwania opisane przez autorów podkreślają niuanse nieinwazyjnego badania prenatalnego, które wymagają starannego rozważenia podczas opracowywania testu Lekarze i pacjenci nie powinni być ekspertami technicznymi; jednak dalsze kształcenie w zakresie szc [więcej w: darmowe leczenie, gdynia psycholog, dobry lekarz ]